Quân giải phóng Miền Nam ban đầu bao gồm lực lượng ở lại không đi tập kết, lực lượng mới chiêu mộ tại miền nam. Để tăng cường lực lượng, miền Bắc chi viện thêm lực lượng đưa từ ngoài bắc vào, nghiễm nhiên thuộc biên chế quân giải phóng miền nam chứ không phân biệt quân đội hai miền Nam-Bắc như quan điểm của Hoa Kỳ và Việt Nam Cộng hòa [50]. Ban đầu đa phần các lực lượng tăng viện cũng là bộ đội tập kết người gốc miền nam, trở về chiến đấu gần quê hương, sau này do tổn thất trong chiến đấu cũng như nhu cầu tăng cường quân số, nên các chiến sĩ người gốc miền Bắc vào Nam chiến đấu ngày càng nhiều.

Quân Giải phóng miền Nam chịu sự chỉ đạo của Bộ Chính trị Đảng Lao động Việt Nam, Tổng Quân ủy Trung ương Quân đội Nhân dân Việt Nam[51], Bộ Tổng tư lệnh, Trung ương Cục miền Nam, Quân ủy Miền, Bộ tư lệnh các lực lượng vũ trang giải phóng miền Nam, Khu ủy Trị Thiên, Khu ủy khu V và Quân khu ủy, Bộ tư lệnh các khu: Trị Thiên, V, VI, VII, VIII, IX, các chiến trường, mặt trận, Đảng ủy quân sự và Bộ Chỉ huy quân sự các tỉnh, thành phố tại miền Nam.

Các tài liệu của Hoa Kỳ và phương Tây thường dùng từ "Việt Cộng" để chỉ lực lượng vũ trang được chiêu mộ tại miền Nam Việt Nam để phân biệt với Quân đội Nhân dân Việt Nam mà họ thường gọi là "Quân đội Bắc Việt Nam". Hoa Kỳ mô tả một cách nhầm lẫn đây là hai lực lượng có chỉ huy, lực lượng và đường lối riêng, với quan hệ đồng minh tương trợ, vì năm 1962 Đảng bộ Miền Nam "tách ra" thành lập "Đảng Nhân dân Cách mạng Việt Nam" và công khai là nòng cốt Mặt trận và chỉ huy Quân giải phóng, có đường lối chính trị khác với Chính phủ Việt Nam Dân chủ cộng hòa và Đảng Lao động áp dụng tại miền Bắc khi đó. Thậm chí một số tài liệu còn cho là "Bắc Việt Nam" và "Việt Cộng" đánh dấu phân khu chiến trường khác nhau ("Bắc Việt Nam" phân mật danh ký hiệu B, còn "Việt Cộng" đánh mật danh MR). Phần lớn các tài liệu của Hoa Kỳ và Việt Nam Cộng hòa hiện nay vẫn phân biệt một cách rạch ròi quân đội cách mạng ở miền Nam trong chiến tranh gồm "Quân đội nhân dân Việt Nam" (họ gọi là "Quân đội Bắc Việt Nam") và "Quân giải phóng Miền Nam" (họ gọi là "Quân Việt Cộng"). Tuy nhiên, cách phân biệt này không chuẩn xác.

Thực tế, các tài liệu và kế hoạch tác chiến của Quân đội Nhân dân Việt Nam và Quân Giải phóng hoàn toàn không có sự phân biệt này. Các tài liệu hiện nay của Nhà nước Việt Nam cho biết Quân Giải phóng miền Nam là một bộ phận của Quân đội Nhân dân Việt Nam chiến đấu tại miền Nam, đều chung chỉ huy với bộ đội ngoài Bắc, có cùng trang bị và đường lối chiến lược-chính trị. Các lực lượng QDND bao gồm cả Quân giải phóng, trên các chiến trường A,B,C,K đều có thể bị thay thế, điều động, bổ sung chia tách hay sáp nhập theo các nguyên tắc thống nhất của Đảng.

Theo Bộ chỉ huy Viện trợ Quân sự Mỹ tại Việt Nam, trong tháng 1 năm 1968, tháng của cuộc tấn công Tết Mậu Thân, số lượng tiểu đoàn đối phương được thống kê như sau:

• Vùng một chiến thuật: 16 tiểu đoàn cơ động Việt Cộng và 53 tiểu đoàn cơ động Bắc Việt Nam.
• Vùng hai chiến thuật: 15 tiểu đoàn cơ động Việt Cộng và 35 tiểu đoàn cơ động Bắc Việt Nam.
• Vùng ba chiến thuật: 39 tiểu đoàn Việt Cộng và 20 tiểu đoàn cơ động Bắc Việt Nam.
• Vùng bốn chiến thuật: 29 tiểu đoàn cơ động Việt Cộng.

Trước đó không lâu, tháng 3 năm 1967, các đơn vị công binh bao gồm Lữ đoàn 305, Trung đoàn 426, và chín tiểu đoàn dưới sự kiểm soát của Phân nhánh công binh (Được biết đến như Bộ tư lệnh công binh trong danh sách MACV), và có thể có được các đơn vị công binh khác theo vào Mặt trận B2[52].

Từ ngữ "Quân đội Việt Cộng" hay "quân đội Bắc Việt Nam", theo nhiều sách báo của Mỹ, chỉ là để viết tắt cụm từ Quân giải phóng Miền Nam, và Quân đội nhân dân Việt Nam, chứ không hoàn toàn mang tính miệt thị. Sự phân chia này bắt nguồn từ những nguồn tin tình báo và do thám họ nhận được, đưa đến suy luận về các đơn vị hai quân đội (dựa trên xuất xứ khi hình thành của đơn vị quân đội cụ thể) có ban lãnh đạo riêng, chứ không có tin tình báo do thám nào làm được phân biệt quân đội đối phương dựa theo nguồn gốc vùng miền của mỗi cá nhân tham gia đơn vị quân đội cụ thể cả. Tuy nhiên nhận định về sự lãnh đạo quân đội bên phía cách mạng của Mỹ thường không chuẩn xác. Lưu ý trong thời chiến tranh toàn bộ quân ngoài miền Bắc Việt Nam di chuyển vào Nam đều là bí mật, bên cách mạng (VNDCCH và CHMNVN) chỉ nói chi viện chung chung, nghĩa vụ của hậu phương lớn với tiền tuyến lớn, chứ không nói cụ thể chi viện gì.

Theo một báo cáo của Mỹ, tháng 3 năm 1972: Có hơn 37.500 quân (7.500 quân Việt Cộng, 35.500 quân Bắc Việt Nam, cả chủ lực và địa phương) ở vùng I, gần 24.000 quân (gần 10.000 quân Việt Cộng, hơn 13.500 quân Bắc Việt Nam, cả chủ lực và địa phương) ở vùng II, hơn 23.700 quân (hơn 13.600 quân Việt Cộng, hơn 10.000 quân Bắc Việt Nam, cả chủ lực và địa phương) ở vùng III, gần 17.000 quân (hơn 13.100 quân Việt Cộng, hơn 5.700 quân Bắc Việt Nam, cả chủ lực và địa phương) ở vùng IV, tổng cộng hơn 101.000 quân.[cần dẫn nguồn]

Nếu tính cả các lực lượng khác kể cả chỉ huy tham gia trực tiếp chiến đấu ở vùng I là hơn 74.400 quân (hơn 20.800 quân Việt Cộng, hơn 47.400 quân Bắc Việt Nam, cộng với 6.400 du kích), vùng II hơn 42.400 (hơn 13.700 quân Việt Cộng, hơn 19.700 quân Bắc Việt Nam, cộng với 8.900 du kích), hơn 60.900 quân (hơn 43.900 quân Việt Cộng, hơn 15.000 quân Bắc Việt Nam, cộng với 1.900 du kích) ở vùng III, vùng IV có hơn 34.500 quân (21.500 quân Việt Cộng, hơn 3700 quân Bắc Việt Nam, cộng với 9.200 du kích) tổng cộng hơn 212.000 người (hơn 100.000 quân Việt Cộng, gần 86.000 quân Bắc Việt Nam, 26.400 du kích). Ngoài bộ đội Quân đội Nhân dân trong các đơn vị từ miền Bắc vào, còn có khoảng 19.000 - 21.000 thuộc Quân đội nhân dân trong các đơn vị Việt Cộng.[cần dẫn nguồn]

Quân Giải phóng trên thực tế chỉ độc lập tương đối với Quân đội Nhân dân Việt Nam về mặt pháp lý, còn về bản chất thì cả hai lực lượng chỉ là một. Do vậy các tài liệu từ phía Việt Nam đều không có sự phân chia đơn vị "lính người miền Bắc hay miền Nam". Tài liệu phổ biến của phía Việt Nam đều sử dụng danh xưng "quân ta" để chỉ chung cho các lực lượng vũ trang cách mạng ở miền Nam.[cần dẫn nguồn]

Thống kê của Mỹ (1972) theo các tỉnh, quân chủ lực và địa phương, và các lực lượng khác trực tiếp tham gia chiến đấu (không kể du kích) đóng tại chỗ, di chuyển vào hay có thể đã di chuyển vào:[cần dẫn nguồn]

• Quảng Trị hơn 23.000, Thừa Thiên hơn 17.500, Quảng Nam hơn 11.700, Quảng Tín hơn 9.400, Quảng Ngãi hơn 7.700
• Bình Định hơn 8.900, Kon Tum hơn 9.100, Pleiku hơn 4.500, Phú Bổn gần 600, Phú Yên hơn 1.300, Khánh Hòa hơn 1.300, Ninh Thuận hơn 600, Darlac hơn 1000, Quảng Đức hơn 1.300, Tuyên Đức hơn 1.000, Lâm Đồng gần 500, Bình Thuận hơn 1.800
• Bình Tuy hơn 3.200, Phước Long hơn 11.400, Bình Long gần 6.200, Long Khánh hơn 1.300, Phước Tuy hơn 600, Biên Hòa hơn 2.000, Tây Ninh hơn 25.200, Bình Dương hơn 2.600, Hậu Nghĩa gần 3.100, Long An hơn 1.700, Gia Định gần 500
• Sa Đéc gần 200, Kiến Tường hơn 2.300, Định Tường gần 4.200, Gò Công hơn 300, Kiến Hòa hơn 1.700, Kiến Phong hơn 1.800, Châu Đốc gần 1.800, An Giang gần 200, Kiên Giang hơn 5.400, Vĩnh Bình hơn 1.800, Vĩnh Long gần 700, Phong Dinh hơn 800, Chương Thiện gần 1.600, Ba Xuyên hơn 200, Bạc Liêu hơn 400, An Xuyên hơn 1.800
• Cộng thêm 26.400 du kích tổng cộng thống kê được hơn 210.000 người.

Các tài liệu Mỹ trong chiến tranh phổ biến gọi Quân đội Nhân dân Việt Nam là "quân đội Bắc Việt Nam", đây là quân được đào tạo, huấn luyện, chọn lựa tại miền Bắc mà hầu như toàn bộ là người miền Bắc. Mỹ ký hiệu của lực lượng này là "NVA" hay "PAVN" và lực lượng này được trang bị vũ khí, quân phục hoàn chỉnh. Còn Quân giải phóng Miền Nam (Mỹ gọi là Việt Cộng, PLAF [53]) là quân được thiết lập và rèn luyện tại miền Nam, thành phần trước tiên là những người cư trú tại Miền Nam. Cả Quân đội nhân dân và Quân giải phóng đều được chia thành quân chủ lực và quân địa phương, ngoài ra có du kích. Cách gọi của Mỹ không chính xác trong thực tế, bởi thực chất cả quân ngoài Bắc vào hay hình thành tại miền Nam đều có một ban lãnh đạo chung. Các đơn vị hành quân từ miền Bắc vào sẽ liên tục tuyển thêm quân là bộ đội địa phương người miền Nam, và các đơn vị thành lập ở miền Nam cũng sẽ liên tục nhận thêm bộ đội từ miền Bắc vào chi viện, kết quả là phần lớn các đơn vị Quân Giải phóng miền Nam có cả bộ đội người miền Bắc lẫn người miền Nam. Trong chiến tranh, tài liệu của bên cách mạng luôn chỉ gọi các đội quân chiến đấu ở Miền Nam là "Quân giải phóng Miền Nam", mặc dù khẳng định sự chi viện của miền Bắc cho miền Nam, nhưng chỉ nói "quân dân miền Nam" hay "các lực lượng võ trang giải phóng" chung chung[54]. Sau Hiệp định Paris ký kết, tất cả Quân giải phóng miền Nam (không phân biệt lực lượng hình thành tại chỗ hay di chuyển từ Bắc vào) đều trực thuộc biên chế quản lý của Bộ Quốc phòng Chính phủ Cách mạng Lâm thời. Tuy nhiên theo nguyên tắc, tất cả quân đội do Đảng thành lập chịu sự chỉ huy của các cấp ủy đảng và bộ máy đảng chỉ huy quân đội. Theo tài liệu nhà nước Việt Nam công bố sau chiến tranh năm 1965 thì Quân giải phóng Miền Nam, có 80% là người miền Nam, 20% là người miền Bắc, đến 1975 thì 80% là người miền Bắc và 20% là người miền Nam[55] nhưng khi đó tổng quân số lớn trước nhiều.

Đảng Nhân dân Cách mạng công khai lãnh đạo Quân giải phóng, tuy nhiên các tài liệu đối phương thu thập được không khẳng định được nó độc lập đến đâu với Đảng Lao động. Tài liệu sau Hiệp định Paris năm 1973 (công khai cho đối phương chứ không phải thực chất) cho biết Đảng Nhân dân Cách mạng như là một nhánh của Đảng Lao động, có sự "tự quản", độc lập tương đối về pháp lý nhưng không độc lập về chủ trương, chính sách với Đảng Lao động (lãnh đạo của Đảng này tham gia lãnh đạo T.Ư. cục MN của Đảng Lao động). Sau 30 tháng 4 năm 1975 Đảng Lao động công bố công khai Đảng Nhân dân Cách mạng thực tế là đảng bộ Miền Nam của Đảng Lao động (khi đó Phạm Hùng là bí thư Đảng bộ) và luôn chịu sự quản lý trực tiếp của TƯ Đảng. Như vậy trên thực tế tất cả các lực lượng vũ trang cách mạng đều chịu sự chỉ đạo chung của Trung ương Đảng, Quân ủy TƯ, Bộ Tổng Tư lệnh. Trung ương Cục Miền Nam, Quân ủy Miền và Bộ Tư lệnh các lực lượng các lực lượng vũ trang giải phóng Miền Nam thực tế chỉ huy trực tiếp trên địa bàn B2 (dù công khai chỉ huy Quân giải phóng trên địa bàn Miền Nam không cho biết quân hình thành tại miền nam hay di chuyển từ ngoài bắc vào).